Marc Marquez a signé la pole sous une pluie battante, devant Zarco et Bezzecchi. Bagnaia a connu un mauvais départ et Viñales a été hospitalisé.

Sous la pluie au Sachsenring , Marc Marquez a signé la pole position. L'Espagnol a réalisé une superbe performance, signant le meilleur temps en 1'27''811, devançant un excellent Johann Zarco. Marco Bezzecchi a terminé troisième, suivi de Franco Morbidelli. Pedro Acosta a terminé cinquième, devançant Alex Marquez et Fabio Quartararo. Fabio Di Giannantonio a terminé huitième. Jack Miller a complété le top 10 en neuvième position et Brad Binder en dixième. Francesco Bagnaia, en difficulté tout au long de la séance, n'a terminé que onzième. Mavericks Viñales a terminé douzième, après avoir chuté en début de séance et a été transporté à l'hôpital pour des examens de l'épaule.

La séance a débuté sous la pluie et sur une piste détrempée. Viñales a pris un bon départ, prenant immédiatement la tête devant Zarco. Les positions se sont inversées peu après, le Français prenant le pas sur le pilote KTM. Après les premiers tours, les chronos se sont nettement améliorés, Zarco et Viñales étant plus rapides que le reste du peloton. Dans certaines zones de la piste, la pluie s'est légèrement intensifiée au fil de la séance. Pour le deuxième passage, de nombreux pilotes ont chaussé le pneu pluie medium, imitant le choix initial de Zarco. Raúl Fernández s'est également montré très compétitif avec ce composé, remontant à la troisième place. Pendant ce temps, Zarco et Viñales ont continué à attaquer et à améliorer leurs temps. Ces deux pilotes se sont qualifiés pour la Q2, le Français terminant la séance en tête. Les pilotes suivants, qui partiront de la treizième place, ont été éliminés : Oliveira, Aldeguer, Marini, Fernández, Mir, Rins, Ogura et Savadori.

Au début de la Q2, la pluie s'intensifiait. Viñales a chuté en début de séance : un gros high side pour l'Espagnol, qui s'est rendu au centre médical après la chute. Parti en pneus medium, Bagnaia est immédiatement rentré aux stands pour chausser les tendres. Une autre chute a eu lieu quelques minutes après celle de Viñales : cette fois, c'est Miller qui a chuté. L'Australien est indemne : lui et le pilote KTM, tombé peu avant, étaient tous deux en pneus medium pluie. Après le premier tour chronométré, Morbidelli a pris la tête, suivi de près par Binder et Marc Márquez. Les temps étaient plus lents qu'en Q1 en raison de la pluie plus intense. À sa deuxième tentative, Márquez a placé la barre plus haut, creusant neuf dixièmes de seconde entre lui et Zarco, deuxième. Le rythme de l'Espagnol était impressionnant, et il a encore amélioré immédiatement après, creusant encore l'écart avec le deuxième, atteignant 1,4 seconde. Bezzecchi, quant à lui, remontait à la troisième place, tandis que Zarco améliorait son temps, réduisant de moitié son avance sur Márquez. Bagnaia a connu une séance difficile, terminant dixième et n'ayant même pas réalisé un temps compétitif à cinq minutes de l'arrivée. Les temps des poursuivants de Márquez se sont améliorés au fil de la séance, Bezzecchi, Zarco et Morbidelli se battant pour la première ligne. Le chrono du Français était sensationnel, se rapprochant à un dixième de Márquez. L'octuple champion du monde a ensuite pris la piste pour riposter au tour de son rival. Morbidelli a chuté lors de sa dernière tentative, mais l'Italien est sorti indemne.